浅部真菌病主要包括皮肤癣菌感染、马拉色菌感染和念珠菌感染。深部真菌病包括皮下组织真菌病和系统性真菌病。其中皮下组织真菌病常见的有着色芽生菌病、孢子丝菌病等；系统性真菌病指真菌侵犯内脏器官，如隐球菌性脑膜炎、念珠菌性肺炎等。